1988年，朱軍被特招進了蘭州軍區(qū)戰(zhàn)斗歌舞團擔任相聲演員，為西北的官兵和人民演出了500多場次，并立三等功一次。

1991年，朱軍走進了甘肅省電視臺，擔任甘肅省文藝演出活動主持，隨后主持綜藝節(jié)目《花好月圓》。1993年，主持中央電視臺文藝節(jié)目《東西南北中》，隨后主持中央電視臺音樂欄目《中國音樂電視》。

1997年起，朱軍開始主持中央電視臺春節(jié)聯(lián)歡晚會；同一年，其主持、編輯的音樂節(jié)目《鄉(xiāng)風鄉(xiāng)韻》獲得金天線電視節(jié)目大賽音樂類節(jié)目第一名。1999年，在全國金話筒節(jié)目主持人評選中獲銀獎第一名。

2000年12月22日，朱軍開始主持中央電視臺談話節(jié)目《藝術人生》。2001年，參加中央電視臺元宵晚會，和尹相杰搭檔表演相聲《燈謎》。2002年，參加中央電視臺春節(jié)聯(lián)歡晚會，和曹穎、雪村合作表演小品《回家》；同一年，獲得第三屆“全國百家電視藝術工作者”稱號。2003年，獲得第21屆中國電視金鷹獎最佳節(jié)目主持人獎。

2004年，朱軍在中央電視臺春節(jié)聯(lián)歡晚會上與馮鞏、周濤、李志強、劉金山合作表演小品《讓一讓，生活真美好》；同一年與董卿搭檔主持中央電視臺音樂頻道開播慶典音樂會；隨后主持中央電視臺音樂頻道的音樂家故事講慨習述節(jié)目《音樂人生》；與周濤、施翌、張澤群主持在燦爛陽光下“心連心”藝術團“五一”赴浙江溫州慰問演出。

2005年，朱軍在中央電視臺春節(jié)聯(lián)歡晚會上與檔境悼馮鞏表演小品《笑談人生》；同一年9月19日，和董卿、藍心湄、胡倍蔚、劉中志一同主持“天涯共此時”——中央電視臺中秋晚會。

2006年，朱軍和馮鞏、牛莉搭檔在央視春晚上表演小品《跟著媳婦當保姆》；同一年與董卿、劉芳菲、張澤群共同主持中央電視臺春節(jié)歌舞晚會；7月15日，主持央視三套互動類競技性節(jié)目《想挑戰(zhàn)嗎》；7月16日，出任第三屆中新歌會主持人元背夜；12月31日，和董卿搭檔主持中習鍵慨抹央電視臺詩歌朗誦節(jié)目《新年新詩會》。

2007年1月25日，朱軍和董卿、康輝主持“萬家燈火平安夜——公安部春節(jié)晚會”；2月份，主持“百花迎春——中國文學藝術界春節(jié)大聯(lián)歡”；8月8日，和楊瀾主持北京奧運會倒計時一周年慶祝活動文藝晚會；9月23日，和董卿、梁洪主持第一屆亞洲青年藝術節(jié)開幕式；12月31日，主持CCTV綜藝盛典，同時與張澤群、畢福劍、楊柳、任魯豫一同表演相聲《五官爭功》。

2008年4月份，朱軍與董卿、春妮、白巖松、楊瀾主持奧運倒計時100天慶?；顒郁邐W運歌曲評選活動頒獎晚會；7月29日，和董卿、張澤群、朱迅共同主持“百年圓夢——迎2008北京奧運會文藝晚會”；12月31日，和周濤搭檔主持中央電視臺詩歌朗誦節(jié)目《新年新詩會》。

2009年9月28日，朱軍主持“《祖國萬歲》——慶祝中華人民共和國成立60周年文藝晚會”；10月1日，受邀在天安門西觀禮臺觀看國慶六十周年閱兵式，并與董卿搭檔解說“首都各界慶祝中華人民共和國成立六十周年文藝晚會”。10月16日，和董卿搭檔解說中華人民共和國第十一屆運動會開幕式。

2010年10月31日，朱軍和曹可凡、陳蓉、董卿共同主持上海世博會閉幕式文藝晚會；11月12日，和搭檔董卿解說第十六屆廣州亞運會開幕式及亞運會序曲珠江巡游；11月27日，和搭檔董卿解說第十六屆廣州亞運會閉幕式；12月21日，和李瑞英、康輝、董卿主持中央電視臺跨年盛典。

2011年2月2日晚，朱軍擔任中央電視臺兔年春節(jié)聯(lián)歡晚會主持，和朱迅、周濤、董卿、李詠、張澤群合作；2月17日鍵罪兇，擔任中央電視臺元宵晚會主持；10月1日，和董卿主持《五星紅旗我為你驕傲》——慶祝中華人民共和國成立62周年專題文藝晚會；12月31日，和董卿、周濤、張澤群共同主持《啟航2012——中央電視臺元旦晚會》。

2012年1月22日晚，朱軍擔任中央電視臺龍年春節(jié)聯(lián)歡晚會主持，和董卿、李思思、李詠、撒貝寧、畢福劍合作；2月6日晚，擔任中央電視臺元宵晚會主持，和董卿、李思思、李詠、撒貝寧、畢福劍合作。

2013年2月9日晚，朱軍擔任中央電視臺蛇年春節(jié)聯(lián)歡晚會主持，和董卿、李思思、李詠、撒貝寧、畢福劍合作；6月15日，擔任第三屆蘭州國際馬拉松賽解說嘉賓，和CCTV5主持人楊建合作。

2014年1月30日，朱軍和張國立、董卿、畢福劍、李思思一同主持中央電視臺馬年春節(jié)聯(lián)歡晚會；2月14日，和董卿、畢福劍、李思思共同擔任中央電視臺元宵晚會主持人；10月10日，和何炅、謝娜、汪涵一同主持第十屆中國金鷹電視藝術節(jié)開幕式文藝晚會。

2015年2月2日，央視春晚官方發(fā)布確認朱軍擔任中央電視臺羊年春節(jié)聯(lián)歡晚會主持，朱軍和董卿、康輝、李思思、撒貝寧、畢福劍、朱迅、尼格買提合作；5月9日晚，和尼格買提聯(lián)袂主持中央電視臺平民選秀節(jié)目《星光大道》；12月31日，和董卿等多位主持人一同主持跨年直播節(jié)目《啟航2016》。

2016年2月7日晚，朱軍擔任中央電視臺猴年春節(jié)聯(lián)歡晚會主持，和周濤、董卿、撒貝寧、李思思、尼格買提合作；2月22日晚，擔任中央電視臺元宵晚會主持，和周濤、董卿、撒貝寧、李思思、尼格買提合作；4月29日，和朱迅搭檔主持央視綜藝頻道推出的音樂競技類節(jié)目《星光大道超級版》；6月26日， 朱軍通過個人微博發(fā)聲，證實自己離開《星光大道》節(jié)目，由朱迅接棒；7月份，主持中央電視臺綜藝頻道“夏季綜藝周”特別節(jié)目《人生課堂》；7月18日，和董卿主持中央電視臺民歌競技類節(jié)目《中國民歌大會》。

2017年1月27日晚，朱軍擔任中央電視臺雞年春節(jié)聯(lián)歡晚會主會場主持，和董卿、康輝、朱迅和尼格買提合作；2月11日，主持中央電視臺元宵晚會，同時在晚會中與高曉攀、尤憲超表演相聲《都是為你好》；4月份，參加北京衛(wèi)視少兒成長音樂節(jié)目《音樂大師課》第三季，在節(jié)目中擔任“老師團”成員；12月份，加盟綜藝頻道互動綜藝節(jié)目《我要上春晚》，和張凱麗、林永健、王偉忠一同擔任評委。

2018年1月5日，朱軍和張蕾搭檔主持《光輝時刻——哈爾濱王立平作品交響音樂會》；同一年，出任人文藝術類節(jié)目《信·中國》的主持人、制作人和總導演；1月22日，和顏丹晨主持央視綜藝頻道推出的春節(jié)特別節(jié)目《東西南北賀新春》；4月份，為《信中國》同名主題曲作詞并參與演唱。

2020年1月5日，朱軍擔任湖北衛(wèi)視“我和我的祖國”2020新春盛典晚會的主持人。

朱軍人物評價

朱軍是勤奮和敬業(yè)的，在中央電視臺工作的時間里，取得了許多成績。經過多年的“打磨”，他的主持風格日漸成熟。臺下的他比印象中電視熒屏上黑瘦。黑，是健康的黑；瘦，是精干的瘦。在《人生課堂》節(jié)目中，他的主持風格以及著裝、語言，都與《藝術人生》不同，更加輕松活潑、接地氣。（《家長》雜志、網易娛樂、人民日報海外版評）

朱軍為了讓自己的形象接地氣，在臺上自黑。在《星光大道》節(jié)目現場，他習慣性地在每個選手表演結束之后拋出一個深沉的主題。為了迎合觀眾讓觀眾開心，他不僅頻繁展示歌藝，還把自己不擅長的部分也展示在觀眾面前，逗樂了很多觀眾。（蘭州晨報評）